こんにちは。
株式会社ユー不動産コンサルタントの脇保雄麻です。決済して1ねん3ヶ月も経過しているのに引渡しされてないとは災難ですね。
　気になるのは引き渡し猶予付きの契約なのに別紙覚書にしているのが気になりますね。契約書自体に引渡猶予の事が記載なく別紙にし覚書を締結しているのであれば、銀行に引渡猶予伝えてなく住宅ローン組んでないですか？となると銀行から金消契約違反を言われるリスクもあると思います。1年以上も引渡猶予付けて住宅ローンは、普通出さないと思うので。業者が分かっていて住宅ローン通すために覚書を別紙にしているのであれば悪意を感じてしまいますね。住宅ローンに関しては、金利の変更や最悪は一括返済を求められるリスクもあるということを認知しておいたほうがいいと思います。
　いずれにせよ、購入した物件を気に入っていて契約解除の気がないということですので、相手方とトラブルにならないように合意書を締結しておいたほうが良いです。
合意書の内容的には、
○引渡期日
○引渡期日過ぎた場合の違約事項等
○引き渡しまでの占有している賃料
○先に述べたローン違約の可能性もあるなら、そうなった場合の損害の賠償等
○助成金申請を相手方が言っているのであれば、助成金申請提出の期日を決めるのと受理証をもらえると思うので写しを買主に渡すこと
○助成金承認期日を決めておいて、期日過ぎた場合の損害等を記載しておいた方がいいかもしれません。

仲介業者に上記のような内容で合意書を作成してもらって進めてみてはいかがでしょうか？

仲介業者の技量が問われる案件ですね。こういうことがないように進めなければならないのですが、すでに進んでしまっているのでこれからのことを考えなければなりませんね。いつまでに着工をするやいつまでに引き渡すという内容もないということですよね？細かい内容がわかりませんが新築することと補助金の申請は契約内容には関係がないのではないかと思いますがいかがですか？着工等できる状況なのに補助金の申請のために着工しないということは突っ込める部分ではないかと思います。弁護士が目を通して厳しいという判断ですとその部分も相手方に有利になっているか、実は弁護士があまり金にならないから面倒と思っているか。こういう見立てになります。この引渡条件で銀行も良く融資しましたね。今できることは引渡日を確定させて猶予ができないようにする取り交わしをするべきと思います。弁護士なら常識的に考えて期日を設けていなくてもこれだけの日数がかかるのはおかしいという理由でとりあえずは進めるのではないかとも思います。別の弁護士に相談してみても良いかもしれませんが破産する恐れがある弁護士費用が算出できるか心配な部分もあります。覚書をきっちりした内容にするための依頼でも良いかもしれません。