こんにちは。
不動産問題解決コンサルティング仲介の株式会社ユー不動産コンサルタント脇保雄麻です。
ご相談者様はいくつかの物件（エリア）で検討されており、その物件ごとに仲介業者から情報を収集しているという状況でしたでしょうか？
ご質問の内容は物件を購入するにあたり、
1物件購入をどう判断したらいいか？
2物件を扱う不動産業者に関して
の上記2点に分けてご質問に回答します。


1物件購入をどう判断したらいいか

まずは、求める物件に対しての条件をまとめることが大切です。求める条件を全て満たす物件は難しいのが現実だと思います。
なので、物件を色々見て候補にあがった物件を比較して良い点悪い点（購入者にとっての）が出てきて迷ってしまうと思います。全ての条件を満たす物件が出ればベストですが、外せない条件わ整理して、他の条件を点数化して候補物件に点数を付けていくやり方が購入判断が早まる方法だと思います。
条件整理して点数化する事が何故大切かというと、需要が多いエリアだったり条件が良かったりする物件の場合は購入判断にスピードを要する場合も出てきます。焦って購入判断するのは決して良くはありませんが、正しい判断を早く決断するためには条件整理と点数化は大変重要なポイントです。

下記で簡単にまとめてますので参考までに。
https://you-rec.co.jp/%e3%83%9e%e3%83%b3%e3%82%b7%e3%83%a7%e3%83%b3%e9%81%b8%e3%81%b3%e3%81%ae%e3%83%9d%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%83%88/


2不動産会社に関して

不動産会社に関してご相談者様がいろいろな点で知りたいことあると思いますので、消費者目線でなるべく説明するようにします。
まず、
仲介手数料に関してですが、
会社によって物件同じでも安かったり、アフターサービスが違っていたりすると思います。宅建業法で物件価格に対して3％の仲介手数料というのは、手数料を収受出来る上限が3％と言う事です。逆に言ったら、物件価格に対して3％（簡易計算式）以上の物件仲介での手数料はないという事です。

次に不動産仲介会社が物件に対しての全ての情報を明かさないことがあるかどうかに関しては、残念ながらあります。あると言うか不動産仲介会社が分からないというのが現実です。不動産と建築は事の別と解釈したほうがいいかもしれません。宅建業法で不動産売買する上で契約前に重要事項説明をするのですが、重要事項の基本的な項目は決められています。
しかしながら、消費者にとって一番大切なのは建物そのものは大丈夫なの？といったところではないでしょうか？
瑕疵担保責任であったり保証だったりもあるのですが、特に中古住宅で個人間での取引の場合は瑕疵担保責任は、売主免責となり現況での引き渡しが多くなってきます。引渡し後に建物に大きな修繕が必要になってしまったり建物自体に問題が分かったなんて場合が消費者にとっての一番の不安要素だと思います。
建物自体の調査は不動産調査というよりも建物調査になります。建物自体に不安要素がある物件であれば、多少お金をかけてでも建物調査されてみてはいかがでしょうか？
最近ですと、建物状況調査（インスペクション）というものもあり、建物状況を簡易的に分かる調査があります。それは不動産仲介会社が斡旋してくれます。
当社のお客様は、全ての物件は難しいですが、簡易的に建物調査は無料で提供してますので、でお問い合わせいただければと思います。

最後に売主サイドでの物件の取り扱い形態に関してですが、
売主が宅建業者の場合と売主が個人の場合に大まかには別れます。
売主が宅建業者の場合、自社での物件を売りたいのが本音です。（その業者が仲介業務も行っていれば別かもしれませんが）自社物件よりも、他の物件を勧める事は少ないと思います。
また、売主が個人の場合、売主側に仲介会社がいて、買主側として仲介する不動産業者は、買主側のクライアントとして色々と提案してくれます（もちろん、売主側仲介会社の扱う物件も提案します）。
今やネットの時代でAIが発展してくると全てネットで完結させるような時代の流れになっておりますが、高額な取引である不動産売買に関しては、人対人の取引で有る以上は、信頼出来るアドバイザーとして信頼出来る担当者を側に付けるという事が重要だと思います。

購入検討物件が数件あるということですね。不動産は一物一価のため同じ物件は存在しないので、気に入った物件の比較の際には判断基準が難しいかもしれませんね。手数料に関しては物件価格が違えば手数料も変わってきますのでそこを判断基準にはするべきではないと思います。
また、ご相談内容からすると数社からそれぞれ物件を案内、ご紹介されているということでしょうか？まだ、案内をされる前であれば可能であれば信頼のおける1社にまとめて相談する方が賢明かと思われます。
あくまで信頼のおけるとお伝えしたのは、おっしゃるように自社や営業マン自身の利益を優先して自分たちに都合の良い営業トークで物件を決めさせるようなケースも多くみられる残念な業界です。ご相談者様がどのような物件を検討されているのかわかりませんが、それぞれの物件のいいところ悪いところを聞いた上で客観的に判断するために念のためそれぞれの物件の資料などももらうべきだと思います。所有者さんの保管状況や不動産屋の調査内容によって物件毎に資料の量も違いますが明らかに少ないところは注意が必要だと思っていただいて構わないと思います。
ただ、どんな営業トークをされても最後にご決断されるのはご相談者様、ご家族ですので一度冷静になってお話し合いをして下さい。
まず、支払いの負担を再確認してください。それぞれのご家庭で収入や支出も違いますのでご相談者様のご家庭で家を買うために無理をした金額では無く、購入後も住宅ローンの支払いに追われることなく生活が出来るラインをもう一度お考え下さい。物件の善し悪しも大切ですが、その基準も購入価格＝月々の支払だと思います。無理をして購入すると小さなことにも目が行ってしまいがちで、些細な事でもストレスになり買わない方が良かったのかもと思ってしまうこともありますが、無理をしない支払いで収まる物件だった場合は気持ちに余裕があるので不思議と些細な事でも気にならず、この金額ならこんなもんだよねと許せたりします。
長々とお話しましたが、少しでも疑念や迷われる点があるのであれば解決・解消するまでは決断をせずにきちんと営業マンに質問等をする。そういったことを嫌がるような営業マンでしたらその人からは買わない方がいいです。しつこいようですが、あくまで最終的にご決断するのはご相談者様ですので他人の意見を参考にしても流されることがないようにご注意いただければ後悔しない不動産購入が出来るのではないかと思います。