こんにちは。
不動産問題解決コンサルティング仲介の株式会社ユー不動産コンサルタント脇保雄麻です。
家を売却する際の諸費用等に関して説明します。
不動産仲介会社に不動産売却を依頼した場合の仲介手数料は、
売却金額×3％＋6万円と消費税です。

それと売却した際の譲渡益が出ていれば譲渡所得税がかかります（売却した年の翌年に確定申告）。譲渡所得の税率は、居住期間によって異なります。
居住期間が5年未満であれば３９％
居住期間が5年超であれば20％
が譲渡所得税の税率となります。
譲渡益がどのくらいかになるかは、
不動産を購入した時の契約書があれば購入価格と諸費用から売却価格等を差引いた額が売却益となりそこから譲渡所得税が加算されます。先祖代々からの土地だったり購入金額が分からない場合は、売却価格の５％が取得した時の価格とみなされて計算されます。

売却期間やいつ手元にお金が入るかの質問ですが、
売却される不動産がどういった物件か等にもよります。エリア的にどのような需要があるかや売出価格によって買手も違ってきます。仮に現金購入者で早く売却出来るよな場合は、2、3週間でという事もありますが、一般消費者が買主である場合の契約から物件引き渡して売却代金全額受領する期間は、契約締結からおおよそ1ヶ月から1ヶ月半が多いです。
物件引渡し日に売却代金残額全額を買主から受領してその時に手数料等の諸費用も支払いますが、譲渡所得税は翌年の確定申告のときとなります。
注意して頂きたいのが、
不動産業者は売買や仲介をらしてもらうことが仕事のため売却した後のことは何も言わない人（知識ないから言えない人）も多いです。
譲渡所得税に関しても居住として住まわれた不動産売却は控除等受けられる場合もありますが、いずれにせよ、確定申告が必要なわけです。
仮に申告もせずにそのままであれば売却した金額は手元に残ったままかもしれません（しばらくは）。ただ、忘れた頃くらいに税務署から連絡を受けて譲渡所得税と加算税を支払うという形になるということです。税額控除も確定申告するから控除を受けられるのであって、税額控除の特例が受けられる売却だから何もしなければ税金払わなくて良いと言う事ではないです。
なので、不動産を売りましょう。、買い取ります。、としか言わないような不動産屋は注意が必要かもしれないですね。


最後に居住中での売却か引越し後の売却かの質問ですが、
答えはどちらでも可能です。
築年数が約40年経過しているとなると修繕等が必要個所が多いので、買主側としては内覧とは別にリフォーム業者等の現況調査や見積もりも必要なので一般消費者が購入決断されるのに複数回内覧されるということになると思います。

また売主側でリフォームしたからといって高く売却出来ると言うことではないので、売却するためにリフォーム費用を出費する必要はないと思います。
理由としては、
築年数が相当年数経過している物件の場合、住宅ローンでの購入はハードルが上がるからです。要するに購入需要が少なくなるということです。
耐震リフォーム等を行って適合証明取得することで住宅ローン控除も適用出来き住宅ローンも組める場合もありますが、それには修繕費用が大幅にかかると思いますし、修繕費用等をかけた分以上のリターンを保証するものでも無いからです。

ご質問ありがとうございます。下記の通りお答えいたします。
・手数料について・・・売却金額に対して、３％+６万円×税金が基本です。（例・2000万円の売却ですと、726000円）
　　　　　　　　　　　プラス抹消登記費用というものがかかります。3万円程度が一般的です。
・時間・・・売却の方法によって異なります。業者買取の場合、買い取り額を算定し、質問者様がそれでよければ、即金で購入する会社も中にはあります。
　　　　　　基本、１ヶ月もあれば十分手元にお金が入ります。（質問者様が引っ越していないといけませんが）
　　　　　　委任といって、一般ユーザー様に販売していく場合は、広告をして呼び込んで、案内してなど段取りがありますので、かかるときは１年かかる
　　　　　　場合もあります。ただ、一般ユーザーに販売しますので、業者買取よりは高く売れるのが普通です。（業者買取はだいたい、６～７割程度です）
　　　　　　一般ユーザー様の場合も契約後約１ヶ月くらいで手元にお金が入ります。
・お部屋の状態・・・ある程度綺麗にされた方が印象は良いと思いますが、空っぽにする必要はありません。居住しながら売却活動をされる方はたくさんいます。
　　　　　　　　　　手続き面もあまり差はありません。
・リフォーム・・・築４０年とのことですので、見た目以上に色々と交換しないといけない部分が多いかと思います。
　　　　　　　　　リフォームは一つ一つ行うより、まとめて行った方がお安くなるのが普通ですので、ご負担する必要はないかと思います。
　　　　　　　　　ただし、売却価格はその分、下げて行う方が良いと思います。

以上が回答となります。近隣県でございますので、いつでも査定に伺います。ぜひお声がけください。