こんにちは。
不動産問題解決コンサルティング仲介の株式会社ユー不動産コンサルタント脇保雄麻です。
購入金額よりも売却下金額が低いから売却益が出ていないため、確定申告する必要が無いという考え方は間違っております。
売却益が出てる出てないに関わらず、確定申告無しでいると税務署からお尋ねがあります（封筒かハガキが送られてきます）。場合によっては税務署から電話かまかかってくる場合もあります。その際に売却益が出ていないことを説明すれば良いと思いますが。税務署員によっては突っ込んでヒアリングされる場合もあると思います。
ご相談者様がお調べになって売却益が出ていないと言う事で問題ないと思いますが、購入した価格がそのまま取得費として計算されるのではなく建物価格分は減価償却されます。例えば、3000万円で購入した不動産でも売却時に建物価格分が1000万円減価償却していたとしたら、取得費が2000万円ということになります。3000万円で売却したとしても1000万円が譲渡益があるとみなされる可能性もあります（諸経費等は考慮してません）。
買い替えの特例で申告出来るなら特例を利用しての申告すれば確実かと思います。
仮に売却益が出ていたとしても特例を利用出来るなら税金がかからないです（特例範囲内で）。　
また特例を利用される場合は、確定申告が必要となります。特例利用出来る条件に当てはまっているから申告しなくても大丈夫ということではありません。何も申告しないで税務署からのお尋ねを待っていても税務職員は特例利用出来るかどうかなんて事は教えてくれません。逆に特例利用での確定申告しなければ、税務署としては特例利用しないという判断になるため、後から計算して売却益が出ているから特例利用して申告し直すという事も認めてくれるかどうかも分からないです（基本的には認めてくれません。税務署確認済）。
売却される前であれば、税務粥系もある程度のわかる担当者と買い替えでの相談されながら進めたほうが良かったと思いますが、売却して買い替え先も購入済ということであれば、多少お金支払ってでも税理士に申告依頼されるか、もしくは最寄りの税務署の無料相談を利用されてみてはいかがでしょうか？

ご質問ありがとうございます。ご購入金額+諸経費以上の売却金額にならないのであれば、基本は確定申告不要と考えて大丈夫です。内容を見ますと、マイナスになるとの記載ですので、ご心配することはないかと思います。ご心配なようでしたら、FP資格者が無料で診断しますので、売却面、金銭面ともお気軽にお申し付けください。ご連絡お待ちしております。