金融機関が融資審査する際に見るポイントが基本的に決まっており、それが、属性審査と担保評価の２点となります。

大まかな審査の仕方等や評価の厳しさ等は金融機関によっても違ってきますが

都市銀行
信用金庫等
モーゲージバンク（フラット３５）
ノンバンク

上記の順番で金利や安いですが審査は厳しめとなっております。なので金利は高めですがノンバンクの審査の場合は
他の借り入れでの返済比率を見ますが、そのほかに家族構成や現在の賃料支払額等を勘案して住宅ローン組んだ場合の支払いが安くなるとＧＯサイン出してくれたりもします。

参考までに基本的な審査の事を記載しております。

住宅ローン審査のポイントはこちら

さて、ご質問者様のご相談は、
不動産投資の所得がマイナスになって銀行でマイナスとして判断されている。とのことですが、どの金融機関であっても不動産所得がマイナスであると評価がマイナスとなってしまいます。他の借り入れの分として返済比率に影響されて不動産収入の分を割り戻されているのだと思います。

理由としては、銀行は課税所得を基本的に見ているからです。不動産収入は総合課税になるので給料収入と不動産収入を合算して課税所得を計算しますが、不動産収入がマイナスとなっていれば給料収入と合算されて課税所得金額が下がりますので所得税が安くなります。

仮にご相談者様の不動産収入が減価償却を計上して課税所得上マイナスですが、実際の賃料収入からローン支払いを引いてプラスとなっているのであれば、その点を見てくれる金融機関もあります。

考え方のひとつですが金利が高くても住宅ローンを組んでローン控除を受けることで所得控除を受けられるし、不動産収入の収支を改善するか売却等したときは、高い金利で組んでいた住宅ローンも借換えで上手く適用していくという考え方であれば住宅ローンが組める金融機関の選択肢が広がると思います。

昨今の銀行から住宅ローンで借りて不動産投資をして不正融資を受けていることが問題化されて、どの金融機関も審査は厳しくなっている傾向にあります。いろいろと金融機関を当たるというのも方法の一つだと思うのですが、審査を受けた履歴等のも個信（個人信用調査）の履歴に残ってしまいます。要するに金融機関の担当者は、審査申し込んだ人の個信を必ず調査します。個信調査した際に他行での審査履歴が多数残っていれば、その金融機関の担当者は「他行で断られたから当行に審査申し込んだんだな」と思います。

なので、やたらと金融機関を当たりまくれば良いという事ではないのですが、多少なりとも参考になれば幸いです。

個信に関しても簡単に下記で説明しておりますので参考になさってください。

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