金融機関が行う住宅ローンの審査は主に2つあります。

1属性審査（申込者の信用）
2担保評価（購入予定物件の評価）

各金融機関により審査方法は異なりますが基本的には上記の1、2があります。

投資物件のローン審査のように物件に対しての審査は厳格でないいところがありますが、建物の遵法性（違法性の建物でないか等）は見ています。

下記参考になさってください

住宅ローン審査ポイントはこちら

1の属性審査と2の担保評価に対しても

都市銀行
信用金庫
モーゲージバンク
ノンバンク等

の順番で審査基準が変わってきます。
（都市銀行が審査が厳しくなっている）

例えば、住まいのエリアが信用金庫の営業エリアと同じであることもポイントだったりします。

また、属性審査では、お勤め先がどうかもポイントになります。会社の取引銀行で住宅ローンを組むというのもあります。

お勤め先によって優遇金利が適用あったりします。

フラット35の事をお伝えしておくと買取型と保証型のフラットがあるのですが都市銀行でもモーゲージバンクなどのネット系銀行であろうとフラット35は扱うことができます。

受付した金融機関によって窓口での審査がことなりますが、最終的な審査が住宅金融支援機構になるのです。

さて、
どこで住宅ローンを組んだらいいかということですが、選ぶポイントは基本的には下記が考えられます。

1金利
2ローン手数料
3保証料
4繰上げ返済手数料
5付帯サービス

金融機関によって上記が全く異なってきます。

ネット系銀行は基本フラット35になるのですが、どこで申込むかによって金利や手数料も異なります。5の付帯サービスも異なります。

例えば、系列の買い物が住宅ローン利用者へ割引になったりとか。
都市銀行でも金利キャンペーンでネット銀行なみに低かったりしますが、保証料が必要になります。
（保証料を金利に上乗せすることもありますが）

また、4の繰上げ返済手数料も無料のところと手数料がかかるところもありますので、長期的に返済計画たてながら決めていくのが良いのではないでしょうか。

Ａ．住宅ローンは「物件」に貸すのではなく「人」に対して貸すローンです。
どこに住んでいるとか、どこの会社の物件を購入したかは全く関係ありません。
質問者様の属性（年齢・年収・勤務先・自己資金割合等）で借入金額や金利が決まります。

金利だけでお得と考えるのであれば、ネット系銀行が断然有利です。
ネット系銀行も親会社は都市銀行に負けない大手企業ですから安心です。
ただ、全てのやり取りがネット及び郵送なので入力ミスや書類の記入ミス等、手続き一つ一つに手間がかかることが多く、それら全てをお客様自身で行わなくてはなりません。
結果的に、やはり長く付き合うものだから窓口に行って相談ができかつ対応の早い有店舗銀行を選ぶ方が多いです。

因みに、横浜銀行や労働金庫をご利用になるお客様は、神奈川県内の公務員の方や提携している企業の方が多いです。
質問者様の属性と購入希望物件を教えてくださればベストな住宅ローンをご紹介いたします。
よろしくお願いいたします。